Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Model Builder unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Model Builder unterstützten Basisdateien sind .MB4. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Model Builder zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Model Builder verwendet werden.
Mit Model Builder können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Model Builder öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Model Builder unterstützten Dateiformat zu speichern.