Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Mocha unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Mocha unterstützten Basisdateien sind .MOC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Mocha zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Mocha verwendet werden.
Mit Mocha können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Mocha öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Mocha unterstützten Dateiformat zu speichern.