Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MNE Home unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MNE Home unterstützten Basisdateien sind .FIFF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MNE Home zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MNE Home verwendet werden.
Mit MNE Home können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MNE Home öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MNE Home unterstützten Dateiformat zu speichern.