Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MLwin unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MLwin unterstützten Basisdateien sind .CN. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MLwin zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MLwin verwendet werden.
Mit MLwin können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MLwin öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MLwin unterstützten Dateiformat zu speichern.