Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MKVExtractGUI-2 unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MKVExtractGUI-2 unterstützten Basisdateien sind .MKV3D. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MKVExtractGUI-2 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MKVExtractGUI-2 verwendet werden.
Mit MKVExtractGUI-2 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MKVExtractGUI-2 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MKVExtractGUI-2 unterstützten Dateiformat zu speichern.