Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Mixcraft unterstützt mindestens 5 verschiedene Dateiendungen. Die von Mixcraft unterstützten Basisdateien sind .MX4. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Mixcraft zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Mixcraft verwendet werden.
Mit Mixcraft können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Mixcraft öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Mixcraft unterstützten Dateiformat zu speichern.