Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MISO-J unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MISO-J unterstützten Basisdateien sind .MD0. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MISO-J zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MISO-J verwendet werden.
Mit MISO-J können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MISO-J öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MISO-J unterstützten Dateiformat zu speichern.