Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MindManager unterstützt mindestens 6 verschiedene Dateiendungen. Die von MindManager unterstützten Basisdateien sind .MMAP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MindManager zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MindManager verwendet werden.
Mit MindManager können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MindManager öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MindManager unterstützten Dateiformat zu speichern.