Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MilkyTracker unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von MilkyTracker unterstützten Basisdateien sind .XM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MilkyTracker zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MilkyTracker verwendet werden.
Mit MilkyTracker können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MilkyTracker öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MilkyTracker unterstützten Dateiformat zu speichern.