Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MikMod unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von MikMod unterstützten Basisdateien sind .AMF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MikMod zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MikMod verwendet werden.
Mit MikMod können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MikMod öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MikMod unterstützten Dateiformat zu speichern.