Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Microsoft Flight Simulator 98 unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Microsoft Flight Simulator 98 unterstützten Basisdateien sind .MDL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Microsoft Flight Simulator 98 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Microsoft Flight Simulator 98 verwendet werden.
Mit Microsoft Flight Simulator 98 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Microsoft Flight Simulator 98 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Microsoft Flight Simulator 98 unterstützten Dateiformat zu speichern.