Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Microsoft Expression Encoder unterstützt mindestens 12 verschiedene Dateiendungen. Die von Microsoft Expression Encoder unterstützten Basisdateien sind .MPG. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Microsoft Expression Encoder zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Microsoft Expression Encoder verwendet werden.
Mit Microsoft Expression Encoder können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Microsoft Expression Encoder öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Microsoft Expression Encoder unterstützten Dateiformat zu speichern.