Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Microsoft BizTalk Server unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Microsoft BizTalk Server unterstützten Basisdateien sind .XDR. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Microsoft BizTalk Server zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Microsoft BizTalk Server verwendet werden.
Mit Microsoft BizTalk Server können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Microsoft BizTalk Server öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Microsoft BizTalk Server unterstützten Dateiformat zu speichern.