Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Microsoft Autoroute unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Microsoft Autoroute unterstützten Basisdateien sind .AEU. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Microsoft Autoroute zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Microsoft Autoroute verwendet werden.
Mit Microsoft Autoroute können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Microsoft Autoroute öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Microsoft Autoroute unterstützten Dateiformat zu speichern.