Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MicroEmulator unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MicroEmulator unterstützten Basisdateien sind .OBML. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MicroEmulator zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MicroEmulator verwendet werden.
Mit MicroEmulator können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MicroEmulator öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MicroEmulator unterstützten Dateiformat zu speichern.