Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MicroCT unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MicroCT unterstützten Basisdateien sind .ISQ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MicroCT zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MicroCT verwendet werden.
Mit MicroCT können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MicroCT öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MicroCT unterstützten Dateiformat zu speichern.