Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MHwinEHE unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von MHwinEHE unterstützten Basisdateien sind .SBL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MHwinEHE zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MHwinEHE verwendet werden.
Mit MHwinEHE können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MHwinEHE öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MHwinEHE unterstützten Dateiformat zu speichern.