Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. mgfilt unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von mgfilt unterstützten Basisdateien sind .MGF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in mgfilt zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von mgfilt verwendet werden.
Mit mgfilt können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über mgfilt öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von mgfilt unterstützten Dateiformat zu speichern.