Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MFAudio unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MFAudio unterstützten Basisdateien sind .ZSD. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MFAudio zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MFAudio verwendet werden.
Mit MFAudio können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MFAudio öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MFAudio unterstützten Dateiformat zu speichern.