Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MetFS unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MetFS unterstützten Basisdateien sind .MFS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MetFS zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MetFS verwendet werden.
Mit MetFS können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MetFS öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MetFS unterstützten Dateiformat zu speichern.