Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MessengerDiscovery unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von MessengerDiscovery unterstützten Basisdateien sind .MDUS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MessengerDiscovery zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MessengerDiscovery verwendet werden.
Mit MessengerDiscovery können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MessengerDiscovery öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MessengerDiscovery unterstützten Dateiformat zu speichern.