Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Merge OS X unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Merge OS X unterstützten Basisdateien sind .COMPARISON. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Merge OS X zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Merge OS X verwendet werden.
Mit Merge OS X können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Merge OS X öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Merge OS X unterstützten Dateiformat zu speichern.