Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Merge unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Merge unterstützten Basisdateien sind .COMPARISON. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Merge zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Merge verwendet werden.
Mit Merge können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Merge öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Merge unterstützten Dateiformat zu speichern.