Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MegaZeux unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MegaZeux unterstützten Basisdateien sind .MZB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MegaZeux zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MegaZeux verwendet werden.
Mit MegaZeux können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MegaZeux öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MegaZeux unterstützten Dateiformat zu speichern.