Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MegaHAL unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MegaHAL unterstützten Basisdateien sind .BAN. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MegaHAL zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MegaHAL verwendet werden.
Mit MegaHAL können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MegaHAL öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MegaHAL unterstützten Dateiformat zu speichern.