Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Megacubo unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Megacubo unterstützten Basisdateien sind .MEGA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Megacubo zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Megacubo verwendet werden.
Mit Megacubo können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Megacubo öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Megacubo unterstützten Dateiformat zu speichern.