Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MEGA unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von MEGA unterstützten Basisdateien sind .MEG. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MEGA zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MEGA verwendet werden.
Mit MEGA können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MEGA öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MEGA unterstützten Dateiformat zu speichern.