Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Medigraph unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Medigraph unterstützten Basisdateien sind .TOM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Medigraph zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Medigraph verwendet werden.
Mit Medigraph können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Medigraph öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Medigraph unterstützten Dateiformat zu speichern.