Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MediaCoder unterstützt mindestens 24 verschiedene Dateiendungen. Die von MediaCoder unterstützten Basisdateien sind .MKV. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MediaCoder zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MediaCoder verwendet werden.
Mit MediaCoder können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MediaCoder öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MediaCoder unterstützten Dateiformat zu speichern.