Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MComix unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von MComix unterstützten Basisdateien sind .CBR. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MComix zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MComix verwendet werden.
Mit MComix können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MComix öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MComix unterstützten Dateiformat zu speichern.