Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MathType unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von MathType unterstützten Basisdateien sind .EPS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MathType zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MathType verwendet werden.
Mit MathType können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MathType öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MathType unterstützten Dateiformat zu speichern.