Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Master Navigator unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Master Navigator unterstützten Basisdateien sind .MNH. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Master Navigator zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Master Navigator verwendet werden.
Mit Master Navigator können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Master Navigator öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Master Navigator unterstützten Dateiformat zu speichern.