Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Master Genealogist unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Master Genealogist unterstützten Basisdateien sind .PJC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Master Genealogist zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Master Genealogist verwendet werden.
Mit Master Genealogist können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Master Genealogist öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Master Genealogist unterstützten Dateiformat zu speichern.