Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MascotCapsule unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von MascotCapsule unterstützten Basisdateien sind .MTRA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MascotCapsule zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MascotCapsule verwendet werden.
Mit MascotCapsule können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MascotCapsule öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MascotCapsule unterstützten Dateiformat zu speichern.