Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MarvinSketch unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MarvinSketch unterstützten Basisdateien sind .MRV. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MarvinSketch zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MarvinSketch verwendet werden.
Mit MarvinSketch können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MarvinSketch öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MarvinSketch unterstützten Dateiformat zu speichern.