Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Martus unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Martus unterstützten Basisdateien sind .MBA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Martus zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Martus verwendet werden.
Mit Martus können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Martus öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Martus unterstützten Dateiformat zu speichern.