Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Markdown unterstützt mindestens 8 verschiedene Dateiendungen. Die von Markdown unterstützten Basisdateien sind .MARKDOWN. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Markdown zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Markdown verwendet werden.
Mit Markdown können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Markdown öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Markdown unterstützten Dateiformat zu speichern.