Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Mandelbrot Explorer unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von Mandelbrot Explorer unterstützten Basisdateien sind .FRR. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Mandelbrot Explorer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Mandelbrot Explorer verwendet werden.
Mit Mandelbrot Explorer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Mandelbrot Explorer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Mandelbrot Explorer unterstützten Dateiformat zu speichern.