Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Mako unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Mako unterstützten Basisdateien sind .MAKO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Mako zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Mako verwendet werden.
Mit Mako können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Mako öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Mako unterstützten Dateiformat zu speichern.