Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MainConcept Reference unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MainConcept Reference unterstützten Basisdateien sind .MJ2. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MainConcept Reference zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MainConcept Reference verwendet werden.
Mit MainConcept Reference können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MainConcept Reference öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MainConcept Reference unterstützten Dateiformat zu speichern.