Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MagicKey unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von MagicKey unterstützten Basisdateien sind .MKC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MagicKey zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MagicKey verwendet werden.
Mit MagicKey können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MagicKey öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MagicKey unterstützten Dateiformat zu speichern.