Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MagicISO unterstützt mindestens 25 verschiedene Dateiendungen. Die von MagicISO unterstützten Basisdateien sind .BIN. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MagicISO zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MagicISO verwendet werden.
Mit MagicISO können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MagicISO öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MagicISO unterstützten Dateiformat zu speichern.