Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Magic Set Editor unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Magic Set Editor unterstützten Basisdateien sind .MSE-INSTALLER. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Magic Set Editor zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Magic Set Editor verwendet werden.
Mit Magic Set Editor können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Magic Set Editor öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Magic Set Editor unterstützten Dateiformat zu speichern.