Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Maestro unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Maestro unterstützten Basisdateien sind .PRJ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Maestro zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Maestro verwendet werden.
Mit Maestro können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Maestro öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Maestro unterstützten Dateiformat zu speichern.