Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MadTracker 2 unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MadTracker 2 unterstützten Basisdateien sind .MT2. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MadTracker 2 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MadTracker 2 verwendet werden.
Mit MadTracker 2 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MadTracker 2 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MadTracker 2 unterstützten Dateiformat zu speichern.