Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MacZoo unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MacZoo unterstützten Basisdateien sind .ZOO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MacZoo zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MacZoo verwendet werden.
Mit MacZoo können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MacZoo öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MacZoo unterstützten Dateiformat zu speichern.