Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. MacModPlay unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von MacModPlay unterstützten Basisdateien sind .S3M. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in MacModPlay zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von MacModPlay verwendet werden.
Mit MacModPlay können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über MacModPlay öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von MacModPlay unterstützten Dateiformat zu speichern.