Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. KSquirrel unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von KSquirrel unterstützten Basisdateien sind .APNG. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in KSquirrel zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von KSquirrel verwendet werden.
Mit KSquirrel können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über KSquirrel öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von KSquirrel unterstützten Dateiformat zu speichern.