Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Komodo Professional unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Komodo Professional unterstützten Basisdateien sind .KPF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Komodo Professional zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Komodo Professional verwendet werden.
Mit Komodo Professional können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Komodo Professional öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Komodo Professional unterstützten Dateiformat zu speichern.