Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. KMD unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von KMD unterstützten Basisdateien sind .KOMODO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in KMD zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von KMD verwendet werden.
Mit KMD können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über KMD öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von KMD unterstützten Dateiformat zu speichern.